При двух рядом стоящих подчинительных союзах (или подчинительном союзе и союзном слове), а также при встрече сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится, если дальше нет второй части двойного союза то, так, но, и придаточная часть может быть опущена, например:

Горничная была сирота, которая, чтобы кормиться, должна была поступить в услужение.

Наконец он почувствовал, что больше не может, что никакая сила не сдвинет его с места и что, если теперь он сядет, ему уже больше не подняться.

А женщина все говорила и говорила о своих несчастьях, и, хотя слова ее были привычными, у Сабурова от них вдруг защемило сердце.

Если же за придаточным предложением есть вторая часть двойного союза  то, так, но, то запятая между предшествующими двумя союзами не ставится, например:

Надвигалась гроза, и, когда тучи заволокли все небо, стало темно, как в сумерки. – Надвигалась гроза, и когда тучи заволокли все небо, то стало темно, как в сумерки.

Сборы затянулись, а когда все было готово к отъезду, ехать не имело уже смысла (после  а запятая в этих случаях, как правило, не ставится, так как изъятие следующего за союзом придаточного предложения невозможны).

В предложениях типа "Он давно уже уехал, и где он теперь, я не знаю" запятая после союза и не ставится.

Запятая обычно не ставится между присоединительным союзом (после точки) и союзом подчинительным, например:

И кто вы такой, я знаю. А зачем это говорится, мне непонятно.